Hola Rafael,

Como ya te he comentado por correo electrónico, mejor una APU de 65w, o incluso de 45w para la caja que estás tratando, que si no me equipvoco es la Cooler Master Elite 120, ¿no?

La placa base está muy bien, aunque yo suelo montar en esos casos (FM2 ITX) la ASRock FM2A75M-ITX R2.0 (Ambas serían buenas opciones, aunque la Asrock lleva sonido analógico multicanal y la MSI no).

La Ram nada que objetar

En cuanto a la caja, la Cooler Master Elite 120 está muy bien, hace unos meses yo monté un NAS con una: ENLACE

Pero si buscas una caja pequeña en la que montar un HTPC/NAS con posibilidad de varios discos duros de 3 1/2, posiblemente mi elección iría a por la Bitfenix: ENLACE que es más bonita (esto ya es también subjetivo) y además permite disipadores más grandes que la Cooler Master y una refrigeración más eficiente.

Sobre tus demás preguntas, por lo que dices yo te recomendaría una APU de AMD, cualquier A8 cumple perfectamente con lo que buscas, incluso un 6500T de 45w (Siempre que vayas a usar Windows, pues con Linux hay aún algunos problemas de drivers)

Los intel i3 van estupendamente también, con la ventaja de que en Linux si van muy bien, pero si buscas uno con soporte de Bluray3D te va a salir más caro (necesitas una HD4000 o HD4600), y aun así la gráfica será peor (aunque para HTPC te dará exactamente las mismas prestaciones).

Un saludo