La gráfica va integrada en el procesador, no en la placa, con lo que lo único que puede variar de una placa a otra es las conexiones que tenga.
Las cajas ML03 y ML04 son idénticas, solo cambia el frontal (cuestion estética), con lo que....
Sí, leí que las integradas intel con los códecs actuales van mejor que las AMD para tirar de 4k, en un futuro esto podría seguir así o cambiar, quien sabe... xD
Podrías cambiar la APU por un i3 4130, estarías pasando de una HD4600a una HD4400, pero para usos de HTPC te vandrán igual.
En cuanto a la placa yo estoy montando la H87M Pro4, la verdad que no me he parado a mirar la diferencia entre ambas.
Por lo demás lo veo todo bien, yo no escatimaría en nada, a no ser que quisieses poner la ML03 que es algo más barata, pero la verdad que la ML04 es preciosa:
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En todo caso cambiaría la APU por un 5500, que realmente te dará el mismo servicio, aunque no hay mucha diferencia de precio ya...
Lo demás lo veo todo bien, aunque posiblemente podrías conseguir una placa más barata con la misma funcionalidad, por ejemplo esta asrock:
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Por cierto, ¿los precios que pones de donde son? algunas cosas me parecen caras para ser con IVA y muy baratas si ya lo llevan xD
Saludos