El asunto es que la Apple TV está reconociendo que se conecta a un equipo capaz de manejar ATMOS.

Eso lo sabemos por lo que nos cuentas de Netflix. En los contenidos con ATMOS, como por ejemplo la serie "Altered Carbon" (en inglés), y ves el letrero de Atmos, cuando arrancas Netflix desde la Apple TV. Si arrancas Netflix desde el SmartTV del televisor, verás el letrero de 5.1.

Así que lo más lógico es que el problema esté en el AVR, o en el cable. Al fin y al cabo, todo funciona desde un punto de vista del procedimiento, pero no sale ningún sonido desde tus altavoces. Primer paso, como menciona el compañero y por si las moscas, cambiar el cable. Segundo, repasar una vez más los settings del AVR.