Efectivamente, nada de exFat, sólo NTFS, lo cual es una putada para los que manejamos Mac.

Yo, cuando lo enchufé por primera vez, me creó una carpeta por defecto, como si fuera una unidad y luego mis archivos estaban en otra "unidad". Mira a ver si te aparecen de inicio esas carpetas.

De todas formas, es buena idea crear carpetas para clasificar las películas, pero el mkv lo reproduce sin problemas, bueno, siempre que lo que haya dentro del contenedor sean codecs compatibles, claro está.