Tienes que decidir que tubos empotrar, yo los tengo todos empotrados excepto alimentacin e interconexión y no es fácil (tampoco difícil, pero hay que hacer un plano), tengo un mueble que tapa todo perfectamente, para la wat (que no tengo) es perfecto, pero es incomodo si te gusta cacharrear como a mi y voy a terminar cambiandolo y lo venderé...

Para cable de altavoz sin bananas...tubo corrugado de 22mm
Para hdmi...tubo corrugado de 40mm (mínimo), si puedes 50mm
Para rcas...tubo corrugado de 50mm
Para rj45..tubo corrugado de 25mm

Todo dependerá del equipo que montes y como lo conectes.

Para los altavoces traseros, si no pones el mueble, lo puedes llevar por el suelo y ponerlos sobre pies. Hay tomas de salidas de cable de altavoz (siempre que no vengan terminados con bananas soldadas o crimpadas) yo tengo unos de la serie niessen zenit que no uso...

La cristalera para separar la cocina, muy chula estéticamente, poco practica en la realidad a no ser que hayan mejorado en la actualidad, lo olores acaban saliendo. No has pensado en puerta corredera o puerta normal?
Los cristales descubiertos no favorecen a la calidad del sonido...
La chimena cerca de los altavoces tampoco es bueno, creo que te puede resercar el altavoces que este cerca...

Para atmos, empotrables en el techo.