Hola,
Bueno pues la verdad es que casi que resuelto....
Es decir, para que se vea bien tiene que ser un formato en concreto y el problema está en que al hacer los mkv pues muchas veces los hacen, vamos a llmarlo "de otra manera"
En el formato estereoscopia cambian las imagenes de izda. a dcha. al ripearlo, así que por eso se veía mal.
La TV tiene la opcion para cambiar de ojo.

Estoy contigo con lo que no debe ser muy bueno, pero creo que tambien hay que ir poco a poco de forma gradual, es como estar delante de un PC 8 horas en su toma de contacto, todo el mundo acaba con los ojos fritos, en este caso creo que igual.
Solo me gusta para ver alguna peli que otra en algún momento, nada mas.
Lo que si que es increible como se ve y como salen las imagenes de la TV.

Sasludos