Si lo conectas por digital al receptor le llegará el núcleo del Dolby TrueHD y del DTS MA, lo que equivale a un DD a 640kbps y a un DTS a 1536kbps, es decir, un DD y DTS con unos bitrates muy superiores a los de el DD y DTS que tienen los DVD.
Si lo conectas por las salidas analógicas el BD50 decodificará el Dolby TrueHD y el DTS MA y lo mandará íntegro al pioneer, que sólo se encargará de la amplificación.
Puedes probar las dos conexiones y elegir la que más te guste de las dos. Entre las dos hay una diferencia de 10db en el canal central, la conexión digital tiene ese canal más alto, con lo que para la comparación deberás bajar ese canal cuando lleves el sonido por la entrada digital. Esto es así por la propia definición del formato Dolby Digital, que eleva esos decibelios cuando se conecta por óptico o coaxial, pero no hace lo mismo cuando usamos las conexiones analógicas.