Un mkv puede ser mejor, igual o peor. El mkv no es mas que un contenedor por lo que dependera de la calidad de quien haya decidido ripearla.
Normalmente como han dicho suele tener mas calidad por que se usa para archivos HD y para archivos de menor calidad esta mas extendido el avi.
Por cierto que aunque te digan que un BD tiene mas calidad, no tiene por que hay BDremux o Full BD que van en mkv que pueden ocupar 25gb (yo tengo varios) por lo que la calidad es similar a un BD y aunque pueda que haya algo de perdida para mi es imperceptible respecto a un BD y supongo que para el 99.9999% de la población tambien lo sera.