Claro que depende de como se comprima. Si te da por pasar un dts a tope de bitrate a mp3 a 96 kbps, pues el sonido será una basura. De todos modos esto no tiene mucho sentido hacerlo, ya que lo que ocupa el sonido comparado con el video es una birria. Dedicar tiempo a procesar eso para reducir el tamaño final del MKV en un porcentaje pequeño es de no tener muchas luces o de no tener mucha idea de lo que se hace, es mejor meter el sonido ac3 y/o dts en el mkv tal cual y punto (y más si el mkv es de un concierto, caso en el que entiendo que el audio debe tener prioridad sobre cualquier otro aspecto). Pero bueno, hay gente pa tó.