Depende de tu nivel de exigencia, del espacio disponible, presupuesto...
Pero en términos absolutos, básicamente si empleas un único subwoofer tanto para lfe como los bajos del propio canal central (configurado en "small" y cortado adecuadamente) estás dirigiendo al mismo subwoofer y al mismo tiempo, información de dos canales distintos, la claridad y separación en la reproducción de ambos simultáneamente es menor que si cada señal la reproduce un subwoofer distinto.
Insisto, puede que la diferencia apenas sea perceptible, sobre todo porque el canal LFE, son efectos puntuales y muy pocas veces (o en pocas grabaciones, mejor dicho) ocurra lo que describo, pero la diferencia básica es la que indico, y cuanto mayor nivel de exigencia busques, emplearás una u otra alternativa.
Hay otra alternativa, intermedia, que ahorras dinero y espacio respecto a colocar doble subwoofer, que consiste en un modelo que admita simultáneamente la conexión por alta y baja señal, que suelen tener controles independientes de ganancia para cada tipo de señal, como los Sumiko, Rel, B&K, MJ. Conectas por baja señal a la salida LFE, y por alta señal al central, ajustas ganancia y cortes en cada uno de ellos de forma independiente (en realidad el corte, lo ajustas en el AV para el canal LFE y en el sub para el central, con la precaución que el corte en el sub, para central, ha de estar siempre por encima en frecuencia al corte del AV para el LFE, para que no recorte ninguna señal más de lo deseado), aunque lógicamente seguirá siendo un único altavoz el que reproduzca tanto la señal LFE como los bajos del central, algo así como una solución intermedia a las dos planteadas arriba.
Saludos.