Hay que tener en cuenta varias cosas.

Primero un sub llega a frecuencias más bajas y a mayor presión que la mayoría de cajas acústicas (al menos en los precios que nos movemos por este foro). En bajas frecuencias es donde se dan los fenómenos de sobrepresión constante (por debajo de la resonancia baja de nuestra sala) y estacionarias (desde esa misma resonancia baja hasta aproximadamente unos 200 Hz) por lo que tendremos las conocidas vulgarmente como "bolas de graves" o picos muy marcados a frecuencias concretas (modos propios) a poco que aumentemos y extendamos la presión sonora en bajas frecuencias (lo que hace un subwooder).

Hay más, la sensibilidad del oído humano decae brúscamente en el extremo bajo (la máxima sensibilidad la tenemos en torno a 3 KHz), por ello cuando "escuchamos" los bajos es porque estamos "metiendo" excesiva presión para ello, de nuevo lo que hace un subwoofer, para percibir lo que naturalmente (o mejor dicho, con respuesta plana) no escucharíamos prácticamente.

La corrección que hace un sistema de calibración, entre otras cosas (la principal) lo que ajusta es la respuesta en frecuencia (ecualización) para que en el punto de escucha la respuesta sea lo más plana posible (no percibiremos esas sobrepresiones en la zona de bajas frecuencias), esta corrección es para un punto concreto (donde situemos el micro al calibrar), nunca puede ser con una misma curva de ecualización aplicable a cualquier punto de la sala.

En los límites de la sala, paredes, principalmente esquinas, la sobrepresión en las frecuencias modales es máxima, notaremos más esa "bola de graves" a poco que la presión la elevemos más de lo habitual (de nuevo, lo que hace un subwoofer).

La transmisión de las vibraciones más molestas y difíciles de minimizar, sobre todo en bajas frecuencias, es estructural, es decir, por resonancia de las superficies rígidas (estructura del edificio; columnas, forjados, paredes...), poco hace respecto a transmisión de vibraciones el colocar el subwoofer sobre puntas de desacoplo. Del mismo modo, la insonorización típica hecha posteriormente (no obra nueva, directamente proyectada y bien ejecutada) es añadir un absorbente (lanas minerales por ejemplo) más una nueva pared (estructura de pladur), o añadir ventanas con doble acristalamiento y perfilería con rotura de puente acústico, pero esto apenas le hace cosquillas a la transmisión estructural de baja frecuencia.

En resumen, no gasten dinero en soluciones de insonorización básicas que para las bajas frecuencias no será efectivo. El notar fuera del punto de escucha un exceso de graves si hay subwoofer es habitual, simple fenómeno físico. Que en punto de escucha no se perciba también es lo normal, siempre que el sistema esté bien calibrado en dicho punto. Que eliminando subwoofer no sea tan molesto es también normal ya que unas cajas no llegan ni en frecuencia ni por presión, a generar las sobrepresiones tanto por debajo de la resonancia baja como en la zona modal que consigue un subwoofer.

Soluciones, asumir y aguantar esas sobrepresiones fuera del punto de escucha. Gastarse el dinero de verdad en una insonorización real (también restará más espacio a la sala, pues pasa básicamente por crear una sala dentro de nuestra propia sala, reduciendo los contactos estructurales entre la nueva sala y la anterior, la típica solución nombrada habitualmente como "una caja dentro de otra caja"). Eliminar el subwoofer y con ello no añadir ni tanta presión ni a tan bajas frecuencias ya que unas cajas normales no bajan del mismo modo que el subwoofer. Y por último y más lógico, bajar el potenciómetro del sub, más aun de lo que hacemos habitualmente, total en punto de escucha al final corregiremos con la calibración para precisamente "aplanar" la respuesta, y fuera de ese punto no necesitamos más sobrepresión pues como comprobamos a poco que nos pasemos solo creamos ese molesto retumbe.

Suerte cada cual para solucionarlo. Saludos.