Si lo conectas por alta, no tiene sentido dejar en "small" el canal al que asocies ese sub, aunque a su vez lo tengas conectado por salida LFE (en este caso llega al sub por alta hasta la frecuencia del corte por abajo y por baja desde dicho corte hacia abajo, con lo que te complicas la vida para integrar en fase y ganancia, en dos tramos, una misma señal o canal), máxime si solo está por alta, pues desaprovechas extensión en graves que podría reproducir el sub.
Lo lógico es que el canal asociado por alta al sub esté configurado como "large" sin cortar, y hagas el corte, ajuste de fase y ganancia de alta en el propio sub, para integrar lo mejor posible con la respuesta del propio altavoz del canal que corresponda.
Parece algo complicado al leer, pero no lo es tanto. Nos pilla lejos, en otro caso no tendría inconveniente en echar una mano presencialmente ;-)
Saludos.