He echo algunas comprobaciones, y si se saca el sonido a través del subwofer en la mayoría de programas que tienen los yamaha para música. Quitando "pure direct", y "straight", que estos no activan el subwofer.

En mi caso el problema es que al hacer la configuración automática, Ypao, el avr, dejaba el volumen del subwofer algo bajo. Como tengo el sub en automático, con las películas, al llevar estas una pista dedicada al subwofer, este se activaba sin problemas. Ahora bien, con la música, si ponias un volumen normal/bajo, no se activaba el subwofer.

La solución es entrar en la configuración manual de los altavoces, y en el apartado del subwofer, poner esta al máximo (+10 db). Con esto, con un volumen más o menos bajo, se activa automáticamente el subwofer.

Comprueba las configuraciones, y verás como si va el subwofer con la música.