El cable del subwoofer puede ser un cable normal de audio RCA-RCA, o un cable coaxial RCA-RCA. Este tiene la ventaja que está apantallado por lo que evita la captación de ruidos .
Prueba con un cable coaxial que ya tengas a ver si mantiene esos ruidos.
Supongo que el cable estará conectado entre la salida LFE y la entrada LFE de ambos aparatos, revisa las conexiones y su sujección.