Por partes, como decía Jack ;-)

El filtro en el subwoofer lo dejas en 150 Hz o posición LFE, y desde el propio AVR fijas el corte del canal LFE en 120 Hz y el resto de altavoces configurados como "small" por encima del límite de respuesta lineal baja de cada caja. Esto hace que quien corte efectivamente la frecuencia sea el AVR, ya que el filtro del propio sub en cualquier caso está por encima (como debe ser).

Respecto a la fase, depende. Con un sistema de calibración (y posterior a fijar una fase concreta en el sub) será este el que ajuste la fase acústica real, aun cuando el sub solo sea un conmutador 0/180 (en lugar de ajuste contínuo entre 0 y 180 grados), es decir, Audyssey calcula la "distancia" del subwoofer al punto de escucha (no tiene porqué coincidir, de hecho normalmente será mayor que la distancia real) que no es más que añadir el retardo correspondiente (un cociente entre distancia y velocidad del sonido) en milisegundos en función de la frecuencia de corte del sub (para el canal LFE) para que coincida en fase acústica con el resto de cajas .

Cuestión aparte es si lo cambias una vez calibrado, entonces sí lo estás haciendo mal (justo en contrafase), o si asocias el subwoofer a un sistema sin calibración, donde has de ajustar a mano la fase (con ajuste continuo entre 0 y 180 es lo ideal. Con conmutador 0/180 se puede combinar con distancia real al punto de escucha, pero habría que hacer cálculos o medir con algún soft).

Saludos.