He probado moviendo el subwooder unos dos palmos mas lejos del rincon y solo con eso pasando la calibracion me ha subido la ganancia del sub 2.5db. A pesar de que ahora esta ligeramente mas cerca del punto de escucha.

Igual es algo simplista, pero interpreto que tal vez ahora se da algo menos el fenomeno que comentas y se ha reducido algo la resonancia a ciertas frecuencias, con lo que puede subir algo la ganancia para compensar. Con lo que deberia sonar mejor asi.

El problema tambien es que se me hace dificil comparar si suenan mejor los bajos y decidir, aparte de que parte de ellos siguen saliendo tambien por los frontales.