Hola, el hecho de tapar los puertos no te evita que la sala te imprima su huella en el extremo bajo por excitar más sus estacionarias, cosa que ocurre por pegar las cajas a las paredes y/o esquinas.

Una caja con puerto bass reflex no es otra cosa que un resonador Helmholtz, en el caso de cajas acústicas, generalmente sintonizado a la frecuencia donde la caja empieza a perder linealidad, decae su señal brúscamente, en el extremo bajo, para extender una o dos decenas de Hz su respuesta baja. Si tapas el puerto en definitiva lo que haces es dejar tu caja de recinto cerrado, reduciendo su respuesta baja, que lo único que consigues es que si hay alguna estacionaria en ese rango que recortas su respuesta, lógicamente atenúas la sobrepresión que ejerce la sala por su acústica.

En resumen, puede ayudar algo, pero no solucionarte el problema, deberías plantearte retirar más las cajas. Sé que a veces es complicado, como solución de compromiso hay amigos que conozco que tienen calculada una posición óptima y marcada en el piso, y en el momento de reproducir, las desplazas a ese sitio, y cuando acabes las recoges. No es lo ideal, pero te permite mejor escucha y no tener cajas por medio si por espacio (u otros motivos) no puedes.

Saludos.