No le veo el sentido a hacer eso. Si configuras el AV (YPAO) con dos subs, te va a repartir la ganancia, fases, corte etc en base a los dos subs conectados. Si desconectas uno, seguramente perderás SPL, el corte puede que varíe y quizás la fase pueda estar cambiada. Me imagino que lo que pretendes es conectar solo uno para música y 2 para cine? En ambos casos, te aconsejo que conectes los dos y regules volumen (SPL) corte y fases para que te suene bien en ambos campos (yo lo tengo así). No perderás nada, no tendrás excesos si los configuras bien y tendrás una mayor extensión y profundidad de graves mejor repartidos en sala.