Pues entonces es fallo del Onkyo.
Siempre que calibras da esos valores?

A ver, dentro de lo malo que es bajar el filtro de un altavoz por debajo de como lo deja la calibración automática, creo que en este caso está justificado. Es un altavoz capaz de llegar mucho más bajo y no entrañará peligro para su funcionamiento.

Lo malo es que perderás la ecualización desde 80hz a 200hz en los frontales. Esto es que te dejará los valores a 0 en esas frecuencias. No creo que notes nada.

Lo bueno es que disfrutarás más de los graves de los frontales y sobretodo que descongestionarás el subwoofer que el pobre tiene que lidiar con las frecuencias hasta 200hz. Seguramente se quede más integrado y notes menos su direccionabilidad.

El filtro de los traseros también lo puedes subir a 80hz sin problemas. El del central déjalo a los 90hz que te ha configurado el AVR


EDITO: La colocación del subwoofer no es la más idónea. Colócalo en el rincón al lado del frontal izquierdo y vuelve a calibrar. Verás como te mejora la respuesta.