Eso es porque la señal que envías por la salida óptica del PC es tipo PCM estéreo, no Dolby ni DTS, el PC está descodificandolos al formato PCM. Has de revisar la configuración de la tarjeta de sonido y la del software de audio para que envíen la señal directamente por la salida SPDIF, sin descodificar.

Revisa en la sala HTPC un hilo chicheteado donde se explica como hacer lo anterior, y verñás hilos que hablan de como sacar audio digital desde un PC con problemas como el tuyo. Al no ser un problema del AVR, si te quedan dudas participa en alguno de esos hilos para resolverlas, dado que el tema está en el PC.

Saludos