Es normal que la distancia del sub la deje más alta que la real, dentro de un límite claro está.

El sub está fuera de rango porque te ha dejado una ganancia de -12, tiene que quedar un valor distinto. Para ello tienes que bajar la rueda del volúmen en el propio sub y volver a pasar la calibración (y la rueda del crossover al máximo). Si aún así sigue dando -12 tendrás que bajarla aún más.

Los altavoces tienes que ponerlos todos en Small después de pasar la calibración.