No es normal ese problema en el AVR, si sigue haciéndolo tras un reseteo valora devolverlo al comercio.

Estos sistemas de BOSE, al llevar unos altavoces satélite con muy poca extensión en graves (no reproducen por debajo de 200Hz) emplean un sistema para asegurarse, primero, que siempre que los oigas aún en estéreo se apoyen en el subwoofer (funcionando como un 2.1), y segundo, que la frecuencia de corte (la que separa las frecuencias dirigidas al altavoz de las dirigidas al SW) es la correcta, probablemente 200 o 240 Hz (si se hiciese en el AVR muchos no llegan a cortar tan altos). Es por ello que mediante esas conexiones se aseguran que se conectan correctamente.

Por esto último, cuando configures tu sistema, has de poner en Grande (Large) todos los altavoces, y si la autoconfiguración Audyssey los pone en Small (Pequeños), has de cambiarla a Grande manualmente, para que llegue la señal si filtrar a las entradas del altavoces del SW.

Otras características de configuración deja que las haga el Audyssy, ajustando tu el nivel del sonido del SW (botones Bass y LFE) a tu gusto si precisas.

Solo por curiosidad, ¿qué te inclinó a escoger este conjunto?, ¿el tamaño de los altavoces?.

Saludos