Yo no desesperaría, algo tiene que estar mal. ¿El punto de escucha está pegado a la pared? ¿Cuál es el patrón que usas para las posiciones del micro al calibrar?

Si quieres hacerlo manualmente, meter las distancias al punto de escucha de los altavoces te vale pero la del sub no, en realidad no son distancias son retardos (las frecuencias tan bajas no se comportan igual). El resto lo veo bien. No sé a qué te refieres con la recomendación para los filtros. De todas formas, para hacerlo manualmente medianamente bien yo te recomiendo la ayuda de un PC y REW.