El LFE es el canal de graves en la señales 5.1, el .1, además también se designa así a la salida para SW de los AVR. En este caso el manual se refiere a la primera acepción pues, creo, tu BOSE no tiene entrada específica LFE.

Olvidate de lo anterior, conecta las salidas de altavoces frontales, central y surround a las entradas correspondientes del SW BOSE, no utilizarás la salidas Surround Back pues los Surr. laterales son los únicos surrounds en un 5.1 (aunque luego los pongas más o menos atrasados se les denominan laterales para distinguirlos de los S. back de un 7.1).

En la configuración del AVR, los altavoces los dejas en large para que se envíe todas las frecuencias al SW, este tiene un filtro para quedarse las que le corresponden (>200 Hz) y el resto dejarlas pasar hacia los altavoces. En dicha configuración tendrás que decirle que no tienes SW, de manera que el canal .1 o LFE lo dirigirá hacia los altavoces llegando de esa manera al SW BOSE.