Hola, en parte ya te ha respondido Cubster.

En general, la entrada de alta señal es para darle cualquier señal, provenga en un AVR de la salida de los frontales, central, o en tu caso una específica para subwoofer, da igual cuál emplees, en todas funcionará el sub, lo que habrá que ajustarlo de distinta forma, o reproducirá distinto contenido dependiendo a qué salidas lo conectes.

Si lo pones en paralelo con la salida de los frontales, reproducirás los graves que envíes a esos canales exclusivamente, y el corte habrás de hacerlo en el propio sub (además de la ganancia y fase), como si lo conectas a cualquier otro canal de los 5, 7, etc, normales que correspondan (central, surround, etc).

Si lo conectas en tu caso a la salida específica para subwoofer (supongo que sea el canal LFE pero por alta señal) reproducirá lo que según configures, tu Onkyo envíe al canal LFE (efectos, desde el corte del resto de canales) y el corte lo hará en este caso el AV, en el mismo sub solo tienes que ajustar ganancia y fase (en este caso el ajuste de frecuencia ponlo en la más alta que tenga tu sub, que la señal ya vendrá cortada desde el AV).

Saludos.