Hola, lo que mencionas aunque poco frecuente, se puede dar. Al fin y al cabo las señales en mandos son limitadas, y con tanta variedad de equipos es posible que entre aparatos algunos coincidan en frecuencia en alguna función, de hecho es lo que buscamos en un mando universal, replicar la señal de otro mando y es bastante simple de implementar.
Repito, aunque es extraño, a veces ocurre. Desde que cambié a un AVR Marantz me sucede entre este y un integrado, coinciden (indistintamente con uno u otro mando) entre ellos el encendido/apagado y selector de entradas. La solución pasa por cambiar uno de los aparatos que interfieran, o manejarlos sin mando (en tu caso parece complicado).
Saludos.