Ecualizador, cómo lo conecto?

El Marantz ya te ecualiza los dos sub como uno solo, que es más que suficiente, ¿para que necesitas el DEQ?

Conecta las salidas del Marantz etiquetadas como SUB1 al canal derecho de entrada LINE IN R del Yamaha y la de SUB2 a la entrada del canal izquierdo. LINE IN L

Deja siempre el volumen del Yamaha hacia la mitad. NO DEBES MOVERLO. O tendrás que volver a calibrar.
pasa la calibración del audissey.

Verifica el resultado:
Setup, speakers, audissey results, levéls:
el de subwoofer debe estar a. "-11db " o menos,
si está a -12db debes bajar el volumen del Yamaha y repetir hasta que marque menos.

Entiendo que los dos subs los has colocado al lado de los principales mirando hacia ti.
Confirma el dato y asegúrate de que conectas el cable rojo a la borna roja o positivo del altavoz y no al revés. ES IMPORTANTE HACERLO ASÍ.

Con este amplificador Yamaha solo te admite ponerlos detrás tuyo, el que esté detrás tiene que llevar los cables cambiados, del borne rojo del ampli, al polo negativo del altavoz, nunca al reves o sin mirarlo y conectarlo a lo loco.
No admite a los lados, mirando hacia El Centro, ya que no puedes modificar la fase a 90 grados o 270 grados, solo a 0 ó a 180 grados.