¿Has actualizado el palomitas? Yo no tengo problemas de ese tipo.
Creo que el volumen de palomitas tiene que estar por encima del 48 para que funcione correctamente y la salida todo a RAW (AC3, DTS, etc).
Por cierto, yo también tengo el palomitas y va de cine. Tanto desde USB como desde red va como una moto. Reproduce mas del 90% de los ficheros MKV en HD que he probado (a 720p y 1080p).
Saludos