El modo "espeial estéreo" permite, si queremos, tener una configuración distinta para cuando el AVR detecte que la señal de entrada es 2 canales (el mío también la tiene). La calibración (ecualización) con Audyssey es exactamente la misma pero si queremos podemos cambiar manualmente ciertos ajustes (Small/large, crossovers, niveles, etc) para que los use automáticamente cuando la fuente es estéreo. El SR6012 no la tiene.

Por otro lado veo muy bien el cambio de cubitos a altavoces de estantería. Yo creo que con el 6012 es más que suficiente para esa sala y no te hará falta un integrado aparte. Yo invertiría la diferencia de precio en colocar algún panel acústico si puedes. En cuanto a los altavoces, la pareja frontal, si vas a escuchar música sin el subwoofer, tendrías que irte mínimo a unos monitores con un woofer de 6,5 pulgadas. Para cine (y música si van acompañados con un sub) te valen con un cono de 5,25 pulgadas, que además tienen la ventaja de ser más compactos, la sala es pequeña no creo que necesites más.