El modo "especial estéreo" que el AVR lo llama "2ch playback" (está en ajustes -> configuración manual) permite personalizar algunos ajustes para que el AVR los use automáticamente cuando la fuente es 2ch (estéreo). Aquí puedes por ejemplo poner las cajas en Large o cambiar el crossover (entre otras cosas, como niveles, distancias, etc) para que automáticamente use estos ajustes cuando se reproduce una fuente estereo, y cuando reproduce una fuente multicanal vuelve automáticamente al ajuste "normal" que tengamos en configuración altavoces.
Nada tiene que ver con los modos (estéreo, multi ch estéreo, etc).
En tu caso pongamos que tienes el crossover en 60hz pero cuando reproduces musica lo prefieres en 40hz (o quieres directamente poner las cajas en Large). Lo tienes que cambiar manualmente en ajustes -> configuración manual. Y si lo quieres volver a cambiar otra vez a 60 (o volverlas a poner en Small) tendrás que volverlo a hacer manualmente.