El que solo le llegue estéreo a tu AVR se debe a que la salida óptica solo está mandando PCM estéreo, el lector traduce el resto de los formatos a ese. Probablemente se deba a que tienes mal la configuración de audio en el lector.

Supongo que tienes el lector conectado por HDMI al TV y por óptico al AVR. En este caso has de configurar la salida de audio del HDMI en off para que la salida óptica funcione correctamente.

Pero lo mejor es que conectaras por HDMI directamente el lector al AVR y este luego al TV, de esa manera también podrían llegar los formatos de sonido HD (Dolby TrueHD, DTS-HD y PCM multicanal) al AVR, puesto que la conexión óptica no permite el envío de estos formatos. En este caso tendrías que dejar activada la salida de audio por el HDMI, claro.