Haz lo siguiente y nos cuentas el resultado.

Cuando estés visionando una peli desde el Media Player de la TV, vía USB, pulsa el botón Tools del mando de la tele. Selecciona Configuración de sonido. En la pantalla que te aparece baja hasta abajo (no se ve la opción si no te desplazas hacia abajo). Selecciona Salida de Audio (o algo así), ahí tienes que elegir la opción Dolby Digital. De esta forma la TV estará enviando una señal DD al ampli, tal como esté codificada en la pista del mkv (5.1, 2.0, etc) y éste debería procesarla sin problemas.

Espero que te haya ayudado.

Saludos