Buenas, como te dice el compañero Hormigo si no tienes ARC no se habilitará el menú en pantalla cuando estes viendo la TV y usando un servicio que presta sólo este dispositivo como es Smart Tv, o una reproducción de un pen desde uno de los puertos USB de la misma.
Yo tengo el RX-V671 con otra Samsung sin ARC conectado via Óptico, y cuando veo Yomvi por SmartTV u otra App, si quiero cambiar de Scena sonora, lo hago fijándome en el Display del AVR, claro que si quieres entrar en la configuración específica de cada modo de Scena no te será fácil ya que la navegación por display es incómoda.
Otra opción es que tu Bluray sea Samsung y cuente con la función SmartTV, de este modo lo verías a través del Bluray y como este va con HDMI al Yamaha pues entonces si que te mostraría el menú en la TV.

Consejo: La emisión de Netfix será la misma tanto por el Apple Tv que por el Smartv, así que los codecs de audio no variarán. Por ende elije el modo de escena que más te guste y cambia sus parámetros cuando estes con el Apple, y luego cuando entres a Netfix por SmarTV, elije el mismo modo de escena visualizandolo en el Display del AVR.

Salu2!