Te explico, según mis creencias, el porqué de esas entradas: Ese subwoofer está pensado para casos en los que el ampli no tiene salida de subwoofer. En esos casos te llevas los cables de los altavoces estéreo hasta el sub, y éste se queda con la frecuencia que le digas en el corte para si mismo, y devuelve el resto a los altavoces.
En tu caso, que ya tienes salida de subwoofer, solo tienes que llevar ese cable rca del que hablas.
En algunos subwoofer pone en el manual, que aunque tenga entradas L y R, basta con que le conectes en el L. No se si será tu caso. De todas formas, si conectas ese cable de un rca a dos rca, funcionará.