Tuviste suerte con el momento que me conecté.

Vamos a ver: el HDMI lleva tanto la señal digital del video hasta 1080p (creo que hasta 1400p), como el audio HD multicanal, como canales de retorno de audio en el caso del standar 1.4 (este lleva canal de datos, además).
El óptico no te permite cualquier tipo de sonido HD. Hay miles de hilos en el foro al respecto.

Tu magnífica tele puedes oirla a través del amplificador de dos maneras: por óptico de la salida de la tele a una entrada del ampli, o por hdmi con señal audio de retorno, que dependerá si tu amplificador lo tiene o no.

Lo del pass-through significa que APAGADO tu ampli deja pasar una señal HDMI con audio directamente a la tele (en algunos es sólo HDMI1 en otras el último HDMI seleccionado). Para ver noticias o dibujos animados, no enciendes el ampli y los altavoces, y te lo ahorras en electricidad y sobre todo, calor.

Y si, es mejor HDMI para casi todo, pero hay que configurarlo todo correctamente