Respecto a la polaridad de los cables, en efecto hay que respetarla. Los cables suelen ir marcados ya sea por el color o por las marcas que comentas.
Es fácil, por ejemplo si la sección marcada con + la conectas al borne rojo del ampli, esa misma sección deberá ir al borne rojo de la caja. No tiene pérdida ya que los bornes de cajas y amplis suelen ir siempe en rojo y en blanco o negro. En lo que si debes de tener cuidado es en respetar los canales izquierdo y derecho, y para ello deberás de fijarte en las salidas correspondientes del ampli y que correspondan a las cajas según estén instaladas.

Respecto a las conexiones y siempre que se hagan bien, igual da a cable pelado que con cualquier tipo de conector. Los conectores sobre todo son cómodos a la hora de conectar y desconectar, pero debes de tener en cuenta que también ocupan más espacio en la trasera de amplis y cajas.

Respecto a la colocación de los traseros hay varios hilos al respecto, que los tengas que poner en soporte de pared o sueeo depende de tus necesidades en la sala. Te recomiendo que al menos estén 1 m. de altura sobre la posición de escucha pero tampoco mucho más, lo más importante respecto a los soportes (sean los que sean) es que sean orientables.

Saludos.