Yo soy de la opinión de que cada cosa es para lo que es y nada mas. Un NAS es para utilizarlo como servidor y almacenamiento y un reproductor (como tu AppleTV) para reproducir. Sinceramente no me gusta mezclar las cosas.
Así que mi consejo es que vayas a un NAS que no transcodifique, que para eso tienes el repro multimedia, y que además te saldrá mas barato. Yo tengo dos Synology de la serie j (215j y 216j) y super contento con ellos. De Qnap no te puedo hablar porque no he tenido, pero cuando anduve mirando que comprarme me decidí por los Synology, no sé, me parecieron mas adecuados para mi uso.
Un saludo