A mí me pasaba lo mismo hasta que descubrí que algunas codificaciones de video llevan una "característica" que hacen que no se pueda reproducir en algunos dvd caseros y también en algunos discos duros multimedia. En concreto se trata del "packed bitstream".
Para quitar esta "característica" del video sin tener que recodificar la película con la consecuente pérdida de calidad y tiempo hay un un pequeño programa que lo hace muy fácilmente.
El programa es el Mpeg4Toolkit y lo puedes encontrar en: http://dark-g.sourceforge.net/

El programa es muy sencillo y apenas tarda nada, espero haber sido de ayuda.
Saludos,

thinman