Hola, yo las pelis las tengo todas en un solo directorio juntas, le tendras que a lo de recursive dirs para que tambien mire los directorios, no se si viene activado por defecto, mirate esto Set content and scan - Kodi , lo de los directores y demas es solo dentro de kodi, el no toca para nada el formato del disco, solo lee las pelis y las cataloga.
Mejor the movie database.
Suerte