Como bien has dicho, los reproductores no leen discos de más de 2 tb (igual hay alguno, pero lo desconozco), y suelen dar problemas al leer el disco.
Lo primero que hago yo cuando compro un disco nuevo es formatearlo. Sí, ya sé que vienen preparados para usar, pero ya he tenido alguna mala experiencia, y para curarme en salud, es lo que hago.
La solución que hay para poder manejar el disco que has pillado es, como bien has dicho, particionar el disco, pero no la hagas automáticamente, hazlo manualmente. No sé exactamente por qué una de las particiones te la ha vuelto a partir en dos, pero para que no te suceda, lo mejor es que le hagas tú las partes a tu conveniencia.
Quizá tu sistema operativo tiene ciertas limitaciones. Por cierto, ¿qué sistema operativo tienes?. Si es un poco antiguo puede que tengas ahí el problema.
Aquí te explican un poco los problemas que puedes tener con un disco de 3 tb:
Problema con disco duro 3 TB - Especialistas en Almacenamiento - cajas externas y servidores NAS QNAP, Thecus, Synology e Infortrend | Especialistas en Almacenamiento - cajas externas y servidores NAS QNAP, Thecus, Synology e Infortrend