Buenas.
¿¿Porque no conectas el prodigy con el cable USB al ordenador y formateas el HD desde este??.
Yo creo que se puede hacer de esa manera y así no tienes que conectar el HD con ningún cable al PC.
Por los problemas que comentáis al respecto del HD con el Prodigy, yo no usaría ninguna herramienta de formateo que no sea la del PC, y si podéis hacer la transferencia de archivos mediante Host USB desde el PC al Prodigy, mejor.
Si formateas borra antes la partición y vuelvela a crear por si acaso (en formato NTFS por su puesto).
Yo tengo un Hub para discos duros externo y lo uso para pasar archivos de video a los discos duros, es lo mas rápido, limpio y versatil.
El tema de la perdida de configuración al reiniciar me da que está relacionado con el HD, ya que a lo mejor debido a estos problemas no deja grabados los ficheros de configuración. Intenta solucionar lo de formatear debidamente el HD y a ver si se arregla el tema.
Salu2,