A lo que vamos, convertir una partición FAT32 a NTFS sin necesidad de formatear y sin perdida de datos es posible, seguir estos pasos:
Recomiendo realizar una copia de seguridad de todos los datos, más vale prevenir, ya que nosotros no nos hacemos responsables de lo que pueda pasar. Nada tiene porque fallar, pero Murphys puede hacer de las suyas.
Abrir el simbolo del sistema en Windows, solo tenéis que ejecutar cmd.
Para la conversión utilizaremos el comando convert. Tenemos que indicarle que deseamos convertir una partición a NTFS utilizando los parametros /FS:NTFS. Si además queremos que el programa nos muestre información del progreso de la conversión añadir el parametro /V (verbose). De forma que para iniciar el proceso de conversión el comando quedaría una cosa así:
convert d: /FS:NTFS /V
En función del tamaño de nuestro disco duro y de los ficheros almacenados tardará un poco más o menos.
Una vez finaliza el proceso ya podemos disfrutar de nuestra nueva partición NTFS.

Fuente:Carrero