Y de hecho entendías bien, el mkvmerge es para eso, para unir archivos de audio, video, subtitulos, etc, en un solo archivo que los contenga a todos, o lo que es lo mismo en un archivo "contenedor". En este caso el formato de contenedor a usar es MKV.
Y al parecer el formato MKV cambia a partir de la version 4 del mkvmerge, de forma que los mismos archivos de video y audio metidos en un MKV con mkvmerge v4 no se ven en la Panasonic GT20 mientras que sí se ven si fueron metidos con por ejemplo el mkvmerge v3.3.0.
Y para pasar de un formato a otro tan sencillo como lo que explicaba en el otro post. No hace falta ni extraer los archivos del primer mkv. Abres el mkv afectado con el mkvmerge GUI v3.3.0 y le das a Start Muxing.
Pero ojo, mkvmerge no recodifica nada, ni video ni audio. Logicamente estos han de estar codificados con formatos que soporte la gt20. Aquí lo que se está tratando es exclusivamente un problema con el contenedor.