La diferencia es que en la posición LFE del sub el corte, está al máximo, no filtra más bajo de lo que el propio subwoofer responda en frecuencia. Si lo pones en 120 Hz, o la frecuencia que sea menor, como el corte que hagas en el AVR tanto del canal LFE como de cualquier otro canal, esté por encima del corte fijado en el subwoofer, el rango de frecuencias entre ambos cortes lo pierdes, no se reproduce.

No hay más, el sub siempre reproduce cualquier señal que le llegue del AVR, no es el sub quien gestiona qué canales reproduce, sino la configuración del AVR, la diferencia es la que menciono arriba.

Saludos.