La configuración del SW como directo o no, no se refiere a si está amplificado o no, sino a si está conectado a una entrada que lleve toda la señal directamente al amplificador del SW o si la entrada pasa por el previo del SW donde puede le puede ser aplicado un filtro (algo que no incorpora tu SW), un cambio de volumen, o de fase a la señal antes de llegar a la etapa de amplificación del SW.

Como en tu SW si puedes elegir el volumen y la fase, configuralo como dice el manual del Denon a los efectos de la calibración con Audyssey, el volumen a mitad de recorrido y el Power On en On., y la fase la dejas en normal.

El Denon no lleva salida de encendido para tu SW, pero no lo precisas: una vez terminado el calibrado deja el Power On en Automático, cuando le llegue señal por la entrada LFE se encenderá solo.