Hola, si me permites, puedes conectar tanto en serie como en paralelo, intento detallar más...

En serie es tal cual te comenta el compañero. En paralelo sacarías de los bornes de salida del amplificador, dos parejas de cables, una a tus cajas y otra al sub.

Las diferencias, en serie el sub hace un corte paso alto hacia tus cajas (solo pasan las frecuencias hacia arriba del corte que fijes) y hacia abajo lo reproduce el subwoofer. De este modo quita la necesidad del integrado "tirar" por las cajas donde más baja la impedancia y mayor demanda de corriente necesitan. Por el contrario, recorta la respuesta de la propia caja. Lo veo más apropiado si el integrado se queda corto en corriente, si las cajas bajan mucho de impedancia y son difíciles de mover, o si las cajas son tipo monitor o en general bajan poco en respuesta grave.

En paralelo envías todo el rango de frecuencia tanto a las cajas como al sub, de modo que el sub reproduce desde su corte hacia abajo, y las cajas todo el rango, hasta donde lleguen por abajo, de este modo aprovechas toda la respuesta en frecuencia de las mismas, pero necesitas un amplificador capaz de controlarlas cuando decae la impedancia y con buena entrega de corriente para ofrecer buena dinámica. Apropiado si el amplificador va sobrado, si las cajas no son difíciles de mover o alta impedancia, o si tienes columnas con buena respuesta baja.

De modo que en mi opinión, no hay una solución mejor "per se" sino que depende de la amplificación y cajas que tengas, será más adecuada la conexión en serie o paralelo. Valora lo que tienes y decide, o en caso de duda, haz la prueba de ambas conexiones y sales de dudas.

Sea como sea, lo importante es ajustar bien la integración de ambos, cajas y sub, con un correcto corte de frecuencia, ajuste de ganancia, y fase acústica en función de dónde sitúes cada uno de ellos respecto a la posición de oyente.

Saludos.