A groso modo: si no tienes subwoofer no debes activarlo en el ampli (en el "set up" lo desactivas ) y si lo tienes, pon el corte de frecuencia a 80 Hz ( que es lo normal ). En sí, un sub, reproduce las bajas frecuencias que no pueden reproducir los demás altavoces del equipo, ya sea 2.1 o 5.1, 7.1 etc... o qué no quieras que estos los reproduzcan por motivos de distorsión o daños en las membranas de los mismos. También ten en cuenta que las películas 5.1 tienen el canal dedicado para las bajas frecuencias, 5 altavoces más 0.1 que es el sub (aunque eso seguro que ya lo sabías).
Por ejemplo; en una película dónde hayan grandes explosiones, tú decides dónde cortar y quien debe de hacer el trabajo, si el sub o los altavoces. También depende del gusto del oyente, posición del sub, la sala, etc... Ya te digo te lo explico a groso modo, aunque no hay mucho más. Seguro que te dan una respuesta mejor.
Un saludo.