Hola Lucasas, voy a ver si me acuerdo de los pasos exactos, pues con el montón de pruebas que he hecho ya no estoy seguro

Versión de ffdshow: 20041012
Versión de Media Player Classic: 6.4.8.2

Configuración en el Ffdshow:
En Codecs (la primera opción de todas) te vas al final y donde pone Raw Video le pones All Supported y justo debajo, donde pone Merit lo pones a Very High. También le puse (como me indicó Daviduco) en la opción MPEG2 la opción libmpeg2, aunque no se si esto realmente ayuda o no.

Configuración Media Player Classic:
La clave, en mi caso, fue ir a View, Options y Filters, y en esta parte desmarqué el filtro MPEG-2 Video Decoder.

Y ya me empezó a funcionar Imagino que el Player me estaba usando su MPEG-2 en lugar del ffdshow.

Lo único así un poco extraño es que ahora, cuando abro un DVD, tengo dos ventanas, la del Player con todos los controles y una titulada Active Movie Window que es donde se ve el DVD.

Suerte!