Eso depende.
Si tienes un LCD que te daria igual, ya que conseguirias la misma definicion.
Si tienes un DLP la cosa cambia, ya que la matriz usa resoluciones distintas para uno u otro formato. En este caso, si el material que vas a ver es 16:9, te merece la pena ponerlo en este modo.
Si te interesa mas el tema, dime de que tipo es y la resolucion nativa, y te explico un poco mas.