Si tienes el Low PAss en LFE como dices, hay otro problema que te puede estar pasando.

Cuando el SW tiene un realce muy fuerte en alguna frecuencia, por la interacción con la sala, lo que ocurre es que Audissey coge ese pico como referencia del SPL del SW, por lo que te lo bajará tanto que el resto de frecuencias, será casi como si no tuvieses sub, o como dices, si las columnas bajan lo suficiente, lo taparán.

Si te ocurre eso, la mejor opción es buscar la posición con la respuesta mas plana, o la peor, es calibrar el sub a oido y pasar de audissey (sabiendo que en alguna frecuencia estarás pasadisimo probablmente)